Masa pemerintahan Tumenggung Surajaya (1569 – 1607), Panembahan Senopati dari Mataram menggelar wilayah kekuasaannya ke Jawa Timur. Lamongan bersama-sama dengan daerah-daerah kadipaten lain di Jawa Timur bergabung dibawah komando Surabaya melawan Mataram.
Pasukan Mataram akhirnya tertahan di Japanan Mojokerto. Atas prakarsa Sunan Giri III diadakan perundingan damai. Panembahan Senopati dan pasukannya kembali ke Mataram.
Hubungan antara Surabaya dan Lamongan sangat erat, terbukti dengan isteri pertama Pangeran Pekik yang terkenal itu berasal dari Lamongan, dan di Lamongan didirikan beberapa pos penjagaan untuk melindungi Surabaya dari serangan Mataram. Lamongan menjadi tameng yang diandalkan oleh Surabaya menghadapi serangan dari arah barat.
Dalam ekspedisinya yang kedua antara tahun 1610 – 1613, Pasukan Mataram di bawah pimpinan Adipati Mertalaya berusaha melemahkan kekuatan dan posisi Surabaya dengan menaklukkan daerah-daerah sekitarnya.
Setelah bertahan cukup lama, Lamongan jatuh ke tangan Mataram pada tahun 1612. Sedang Surabaya sendiri baru jatuh ke tangan Mataram pada tahun 1625.
Sekalipun telah ditaklukkan dan harus mengakui kekuasaan Mataram, tetapi penguasa kadipaten Surabaya tetap memegang kekuasaan atas bawahannya, bahkan membawahi kadipaten-kadipaten di sekitarnya.
Sampai tahun 1677 Lamongan masih berada di bawah pengaruh kekuasaan Surabaya sekali pun secara “de jur” berada dalam kekuasaan Mataram di bawah Amangkurat II.
‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾‾
Dinukil oleh Tim Pustaka Jawatimuran dari koleksi Deposit – Badan Perpustakaan dan Kearsipan Provinsi Jawa Timur: LAMONGAN MEMAYU RAHARJANING PRAJA, Pemerintah Kabupaten Daerah Tingkat II, Lamongan 1994, hlm.32
Pusaka Jawatimuran 